貴方の場合、所得税法６４条２項に規定する譲渡所得の特例を使えます。しかし２０００万円全部ではなく、１０００万円にとどまります。

貴方は会社の借入金２０００万円を銀行に返済しましたが、会社は無資力ですので、会社に対して求償権を行使することはできません。この点で貴方は２０００万円の損失を受けたと言えなくもありません。しかし、会社の銀行借入について、貴方の外に弟さんも連帯保証人になっています。このように連帯保証人が２人いて、そのうちの１人が自己の負担部分を超えて債権者に弁済したときは、他の保証人に対し、自己の負担部分を超える部分につき求償権を行使できます（民法４６５条１項、４４２条２項）。貴方と弟さんの間で負担部分につき合意がないとき、それは等しい割合と推定されます（民法４２７条）。したがいまして、貴方は、銀行に返済した２０００万円のうち１０００万円を弟さんに求償できることになります。その結果、銀行に対する返済による貴方の損失は２０００万円でなく１０００万円となりますので、Ａ土地の譲渡所得２０００万円から銀行に対する返済による損失１０００万円を控除し、残額１０００万円につき長期譲渡所得税がかかることになります。

なお、貴方がＡ土地売却にあたり仲介業者に支払った費用があれば譲渡費用として譲渡所得から控除されます。